Quand les animaux d'une race ont un effectif très faible (par exemple inférieur à 100 femelles ou 10 mâles reproducteurs), il est important de mettre en place un dispositif très encadré de suivi et de gestion de la diversité génétique. En dehors des situations d'urgence où tous les animaux doivent être conservés, un programme de gestion conservatoire peut être initié.

La méthode préconisée pour un programme qui vise à limiter les phénomènes de dérive génétique et d'élévation de la consanguinité qui induisent respectivement la perte de certains caractères (qui peuvent être favorables) et la fixation de caractères rares (qui peuvent être défavorables) propose de :

• diviser la population en groupes apparentés (au moins 6) et accoupler les reproducteurs à des femelles d'autres familles (on voit ici tout l'intérêt de l'insémination artificielle),
• utiliser un nombre de mâles aussi élevé que possible dans le plan d'accouplement et les renouveler rapidement,
• uniformiser les effectifs des familles, c'est à dire ne pas privilégier la descendance d'un reproducteur particulier.

Des structures, de plus en plus nombreuses, participent à ces programmes, aux côtés des éleveurs : fermes conservatoires, lycées agricoles, parcs zoologiques, aquarium, Parcs Naturels Régionaux... Elles sont parfois aidées par les départements et les régions. Ces structures participent activement à la conception puis à la mise en place de projets de valorisation des races locales.