Les microorganismes constituent un groupe à la charnière des thématiques de la biodiversité et des ressources génétiques, encore bien mal connu du fait de leur très grand nombre et des difficultés à les isoler.
La stratégie nationale est centrée sur les questions relatives à la conservation ex situ et propose d'organiser la gestion des collections de souches microbiennes autour :

- de réseaux de gestion de matériel et d'informations, structurés par thématiques, milieux ou types de microorganismes communs et s'insérant, autant que faire se peut, dans une dynamique européenne ;

- de collections d'intérêt national, chargées d'assurer un service particulier pour la collectivité.

L'organisation de ces réseaux et la définition de collections d'intérêt national sont en cours.

Actuellement quatre réseaux sont constitués :

RESOMIL, microorganismes d'intérêt laitier, réseau thématique qui regroupe des collections de bactéries, champignons, levures et phages (flore technologique, flore d'altération). La Collection nationale FranceMIL est constituée.

en savoir plus sur RESOMIL

Réseau Macromycètes réseau par type de microorganismes concernant les champignons, organismes microscopiques, eucaryotiques et filamenteux, produisant des fructifications (sporophores) visibles à l'oeil nu. Appartiennent au règne Fungi.

MICROBE, microorganismes d'intérêt cidricole, rhumicole, oenologique, brassicole et pour les eaux-de-vie, réseau thématique regroupant des collections de bactéries, champignons, levures et phages (flore technologique, flore d'altération).

SYMPAVE, microorganismes symbiotes, pathogènes et associés aux végétaux et à l'environnement, réseau par type de milieux concernant la micro-flore et la micro-faune des sols, des végétaux, de l'eau et de l'environnement agricole.

La constitution d'autres réseaux est envisagée notamment sur la thématique de la dépollution par des microorganismes extrêmophiles.