La Convention sur la Diversité Biologique (CDB) relative à "la conservation de la diversité biologique, l'utilisation durable de ses éléments et au partage juste et équitable des avantages découlant de l'exploitation des ressources génétiques" est adoptée en juin 1992 lors du Sommet de la Terre, et est entrée en vigueur le 29 décembre 1993. Elle s'applique aux 188 Etats qui l'ont ratifiée, dont les Etats-Unis ne font pas partie.

La CDB couvre les trois niveaux de la diversité biologique : les écosystèmes, les espèces et leur diversité génétique. En matière de ressources génétiques, la CDB introduit deux notions nouvelles :

•  Elle place les ressources génétiques sous statut de souveraineté nationale  : les Etats ont ainsi autorité pour dire quel droit est applicable aux ressources sur leur territoire (mais pas à celles qui avaient été collectées avant 1993, date de l'entrée en vigueur de la CDB , et qui sont maintenues à l'étranger). Le statut de propriété des ressources génétiques relève donc du droit national de l'Etat concerné.

•  Elle soumet l'accès aux ressources génétiques à un consentement préalable en connaissance de cause de l'Etat qui les fournit, et à un partage des avantages découlant de leur utilisation, selon des modalités négociées au cas par cas.

Plusieurs raisons expliquent que le cadre général que pose la Convention sur la Diversité Biologique s'applique difficilement en l'état dans le contexte agricole et alimentaire : les ressources génétiques d'une même espèce sont en effet largement distribuées et souvent dupliquées sur l'ensemble de la planète. De plus, l'élaboration d'une nouvelle variété végétale nécessite le croisement de plusieurs dizaines de variétés, également améliorées au préalable, qui proviennent de multiples fournisseurs, et dont la contribution à l'amélioration génétique finale est généralement impossible à déterminer, même a posteriori. Ces réalités compliquent l'obtention d'un consentement éclairé et la définition a priori desdites conditions de partage par des voies bilatérales, opposées à la nature même de la spécificité agricole : multilatérale, collective et interdépendante.

Le Traité International sur les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture, adopté par la FAO en novembre 2001, est entré en vigueur le 29 juin 2004. Il a pour objectifs « la conservation et l'utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture, le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation en harmonie avec la Convention sur la diversité biologique, pour une agriculture durable et pour la sécurité alimentaire ». Il reconnaît « les droits souverains des Etats sur leurs propres ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture ». Il s'inscrit ainsi clairement dans la ligne de la CDB et s'impose comme juridiquement contraignant pour les Etats qui le ratifient.

Le Traité repose sur quatre piliers :

•  les "Droits des agriculteurs", définis comme un ensemble de droits sociaux et politiques qu'il revient aux gouvernements de mettre en ouvre (article 9) ;

•  le "Système multilatéral d'accès et de partage des avantages" qui adapte les principes de la CDB aux spécificités de l'agriculture et de l'alimentation. Ce système implique que les états signataires s'engagent à laisser circuler librement les ressources génétiques du domaine public ou volontairement mises à disposition qui relèvent d'une liste de 35 plantes cultivées et 29 cultures fourragères (en France, les Collections nationales ont été conçues dans la perspective de leur intégration à ce Système multilatéral). Néanmoins, le partage des avantages monétaires vers un fond commun est rendu obligatoire dès lors que le produit commercialisé issu de la ressource génétique n'est pas librement accessible pour la recherche et la sélection (articles 10 à 14) ;

•  la clarification du régime des collections ex situ des Centres internationaux de recherche agronomique (article 15) ;

Les droits de propriété intellectuelle ont des implications particulièrement importantes dans le cadre de l'utilisation des ressources génétiques :

•  l'activité inventive est essentielle pour identifier et exploiter l'intérêt de ces ressources pour l'agriculture, l'industrie ou la santé ;

•  le résultat de cette activité inventive est souvent lui-même une ressource génétique (en sélection pour l'alimentation et l'agriculture notamment), facilement reproductible ;

•  la poursuite des progrès scientifiques, notamment en génétique, doit pouvoir s'appuyer sur la diffusion des résultats de recherche-développement.

Les Accords ADPIC (Accord relatif aux Aspects des Droits de Propriété Intellectuelle qui touchent au Commerce) identifient 7 grands types de propriété intellectuelle, dont deux s'imposent particulièrement aux Etats membres de l'OMC pour l'utilisation des ressources génétiques : le brevet et la protection des obtentions végétales.

Le brevet s'applique à toute invention remplissant trois critères : nouveauté, activité inventive et application industrielle. En Europe, le droit relatif au brevet est défini par la Convention sur le Brevet Européen et, dans l'UE, par la Directive sur la protection juridique des inventions biotechnologiques.

Le Certificat d'Obtention Végétale (COV) repose sur quatre critères : nouveauté, distinction, homogénéité et stabilité. Deux différences majeures le distinguent du brevet : « l'exemption du sélectionneur » et le « privilège de l'agriculteur ».

•  "l'exemption du sélectionneur » permet d'utiliser librement et gratuitement les variétés protégées « aux fins de la création de nouvelles variétés" ;

•  le "privilège de l'agriculteur » permet aux « agriculteurs d'utiliser, à des fins de reproduction sur leur propre exploitation, le produit de la récolte qu'ils ont obtenu par la mise en culture, sur leur propre exploitation, de la variété protégée", et ce sous la juridiction des Etats qui le souhaitent, dans les conditions définies par la loi. Le COV est régi par les législations nationales adoptées par les Etats parties à la Convention pour la Protection des Obtentions Végétales (dite convention UPOV).

Un troisième type de droits, regroupés sous le terme "d' indications géographiques", est fréquemment associé aux produits issus de l'utilisation des ressources génétiques, notamment lorsqu'ils mettent en jeu des connaissances traditionnelles ou collectives, comme dans le cas de nombreux produits de terroirs.